Este crecimiento se concreta, en la creación de nuevas unidades académicas, la transformación de escuelas ya existentes en Facultades, la apertura de nuevas carreras de grado y posgrado en respuesta a necesidades sentidas por la comunidad entrerriana, el constante crecimiento de alumnos, el esfuerzo hecho en el incentivo a la investigación y la apertura hacia nuevos caminos de difusión de la ciencia y la cultura.

El 26 de abril de 1986 constituye una fecha histórica de la Universidad Nacional de Entre Ríos, pues se realiza en la ciudad de Concepción del Uruguay la Primera Asamblea Universitaria. De allí surge el primer Rector electo a través del voto. Le cabe tal honor al entonces Rector Normalizador, Dr. Eduardo Alberto Barbagelata.

Desde entonces la Universidad es gobernada por autoridades democráticamente elegidas, a través de sus órganos de gobierno conformados con representantes de los distintos estamentos que la componen. La Asamblea Universitaria del año 2002, designó al Cr. Eduardo Asueta por el período rectoral: 2002 - 2005.

La presencia de la Universidad Nacional de Entre Ríos en el territorio provincial con su conformación descentralizada, la distingue de las Universidades Nacionales, que reúnen todas sus actividades en un mismo núcleo urbano. Esa circunstancia pone distancia de hasta 300 kilómetros entre sus unidades académicas y un recorrido completo de 800 kilómetros.

El Rectorado tiene su sede en la ciudad de Concepción del Uruguay y sus Unidades Académicas en las ciudades de Paraná, Concepción del Uruguay, Oro Verde, Gualeguaychú, Concordia y Villaguay. Su organización adopta el sistema de Facultades: de Ciencias Económicas, de Ciencias de la Educación, de Ciencias de la Salud, de Bromatología, de Trabajo Social, de Ciencias Agropecuarias, de Ingeniería, de Ciencias de la Administración y de Ciencias de la Alimentación.

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